I'm looking at various smoothing options for some noisy, high resolution data and I'm wondering if ggplot2 geom_smooth() can be optimised to give the results I'm after.
The default 'gam' method produces less that adequate results, and the 'loess' method can't handle the amount of data. Are there better ways to handle this?
p <- ggplot(data=fid_df,aes(x=rt,y=value, group=1,text=paste("height = ", value, " RT = ",round(rt,3))))
geom_line()
geom_smooth(aes(colour='red'))
xlim(10,55)
ylim(8, ceiling(max(fid_df$value[fid_df$rt>10])/10)*10)
A better (but still not ideal) solution for smoothing was obtained using the base plot function and colMeans, which captures the shape of the original data and eliminates a little bit of the noise, but not enough:
x<-fid_df$rt
y<-fid_df$value
plot(x,y, xlim=c(8,max(x)),ylim=c(8,max(y[x>8])*1.1),type="l")
k <- 20 #the number of rows to average over for smoothing
sig.new <- colMeans(matrix(y, nrow=k))
x.new <- colMeans(matrix(x, nrow=k))
lines(x.new,sig.new, col='lightslateblue')
A close up of the baseline shows the noise reduction achieved by this method:
plot(x,y, xlim=c(18,23),ylim=c(8.8,8.95),type="l")
lines(x.new,sig.new, col='red')
The ideal result would maintain the shape of actual peaks while eliminating noise especially from the baseline. The end objective is to distinguish the actual peaks from the baseline within a given tolerance in order to measure the area of each peak. Something like this (generated in different software):
A subset of the data (the full data has almost 72000 rows):
> dput(fid_df[20200:20800,])
structure(list(rt = c(16.832558914251, 16.833392252667, 16.834225591083,
16.835058929499, 16.8358922679151, 16.8367256063311, 16.8375589447471,
16.8383922831631, 16.8392256215791, 16.8400589599952, 16.8408922984112,
16.8417256368272, 16.8425589752432, 16.8433923136592, 16.8442256520752,
16.8450589904913, 16.8458923289073, 16.8467256673233, 16.8475590057393,
16.8483923441553, 16.8492256825713, 16.8500590209874, 16.8508923594034,
16.8517256978194, 16.8525590362354, 16.8533923746514, 16.8542257130674,
16.8550590514835, 16.8558923898995, 16.8567257283155, 16.8575590667315,
16.8583924051475, 16.8592257435635, 16.8600590819796, 16.8608924203956,
16.8617257588116, 16.8625590972276, 16.8633924356436, 16.8642257740596,
16.8650591124757, 16.8658924508917, 16.8667257893077, 16.8675591277237,
16.8683924661397, 16.8692258045557, 16.8700591429718, 16.8708924813878,
16.8717258198038, 16.8725591582198, 16.8733924966358, 16.8742258350518,
16.8750591734679, 16.8758925118839, 16.8767258502999, 16.8775591887159,
16.8783925271319, 16.8792258655479, 16.880059203964, 16.88089254238,
16.881725880796, 16.882559219212, 16.883392557628, 16.884225896044,
16.8850592344601, 16.8858925728761, 16.8867259112921, 16.8875592497081,
16.8883925881241, 16.8892259265401, 16.8900592649562, 16.8908926033722,
16.8917259417882, 16.8925592802042, 16.8933926186202, 16.8942259570363,
16.8950592954523, 16.8958926338683, 16.8967259722843, 16.8975593107003,
16.8983926491163, 16.8992259875324, 16.9000593259484, 16.9008926643644,
16.9017260027804, 16.9025593411964, 16.9033926796124, 16.9042260180285,
16.9050593564445, 16.9058926948605, 16.9067260332765, 16.9075593716925,
16.9083927101085, 16.9092260485246, 16.9100593869406, 16.9108927253566,
16.9117260637726, 16.9125594021886, 16.9133927406046, 16.9142260790207,
16.9150594174367, 16.9158927558527, 16.9167260942687, 16.9175594326847,
16.9183927711007, 16.9192261095168, 16.9200594479328, 16.9208927863488,
16.9217261247648, 16.9225594631808, 16.9233928015968, 16.9242261400129,
16.9250594784289, 16.9258928168449, 16.9267261552609, 16.9275594936769,
16.9283928320929, 16.929226170509, 16.930059508925, 16.930892847341,
16.931726185757, 16.932559524173, 16.933392862589, 16.9342262010051,
16.9350595394211, 16.9358928778371, 16.9367262162531, 16.9375595546691,
16.9383928930851, 16.9392262315012, 16.9400595699172, 16.9408929083332,
16.9417262467492, 16.9425595851652, 16.9433929235812, 16.9442262619973,
16.9450596004133, 16.9458929388293, 16.9467262772453, 16.9475596156613,
16.9483929540774, 16.9492262924934, 16.9500596309094, 16.9508929693254,
16.9517263077414, 16.9525596461574, 16.9533929845735, 16.9542263229895,
16.9550596614055, 16.9558929998215, 16.9567263382375, 16.9575596766535,
16.9583930150696, 16.9592263534856, 16.9600596919016, 16.9608930303176,
16.9617263687336, 16.9625597071496, 16.9633930455657, 16.9642263839817,
16.9650597223977, 16.9658930608137, 16.9667263992297, 16.9675597376457,
16.9683930760618, 16.9692264144778, 16.9700597528938, 16.9708930913098,
16.9717264297258, 16.9725597681418, 16.9733931065579, 16.9742264449739,
16.9750597833899, 16.9758931218059, 16.9767264602219, 16.9775597986379,
16.978393137054, 16.97922647547, 16.980059813886, 16.980893152302,
16.981726490718, 16.982559829134, 16.9833931675501, 16.9842265059661,
16.9850598443821, 16.9858931827981, 16.9867265212141, 16.9875598596301,
16.9883931980462, 16.9892265364622, 16.9900598748782, 16.9908932132942,
16.9917265517102, 16.9925598901262, 16.9933932285423, 16.9942265669583,
16.9950599053743, 16.9958932437903, 16.9967265822063, 16.9975599206224,
16.9983932590384, 16.9992265974544, 17.0000599358704, 17.0008932742864,
17.0017266127024, 17.0025599511185, 17.0033932895345, 17.0042266279505,
17.0050599663665, 17.0058933047825, 17.0067266431985, 17.0075599816146,
17.0083933200306, 17.0092266584466, 17.0100599968626, 17.0108933352786,
17.0117266736946, 17.0125600121107, 17.0133933505267, 17.0142266889427,
17.0150600273587, 17.0158933657747, 17.0167267041907, 17.0175600426068,
17.0183933810228, 17.0192267194388, 17.0200600578548, 17.0208933962708,
17.0217267346868, 17.0225600731029, 17.0233934115189, 17.0242267499349,
17.0250600883509, 17.0258934267669, 17.0267267651829, 17.027560103599,
17.028393442015, 17.029226780431, 17.030060118847, 17.030893457263,
17.031726795679, 17.0325601340951, 17.0333934725111, 17.0342268109271,
17.0350601493431, 17.0358934877591, 17.0367268261751, 17.0375601645912,
17.0383935030072, 17.0392268414232, 17.0400601798392, 17.0408935182552,
17.0417268566712, 17.0425601950873, 17.0433935335033, 17.0442268719193,
17.0450602103353, 17.0458935487513, 17.0467268871673, 17.0475602255834,
17.0483935639994, 17.0492269024154, 17.0500602408314, 17.0508935792474,
17.0517269176635, 17.0525602560795, 17.0533935944955, 17.0542269329115,
17.0550602713275, 17.0558936097435, 17.0567269481596, 17.0575602865756,
17.0583936249916, 17.0592269634076, 17.0600603018236, 17.0608936402396,
17.0617269786557, 17.0625603170717, 17.0633936554877, 17.0642269939037,
17.0650603323197, 17.0658936707357, 17.0667270091518, 17.0675603475678,
17.0683936859838, 17.0692270243998, 17.0700603628158, 17.0708937012318,
17.0717270396479, 17.0725603780639, 17.0733937164799, 17.0742270548959,
17.0750603933119, 17.0758937317279, 17.076727070144, 17.07756040856,
17.078393746976, 17.079227085392, 17.080060423808, 17.080893762224,
17.0817271006401, 17.0825604390561, 17.0833937774721, 17.0842271158881,
17.0850604543041, 17.0858937927201, 17.0867271311362, 17.0875604695522,
17.0883938079682, 17.0892271463842, 17.0900604848002, 17.0908938232162,
17.0917271616323, 17.0925605000483, 17.0933938384643, 17.0942271768803,
17.0950605152963, 17.0958938537123, 17.0967271921284, 17.0975605305444,
17.0983938689604, 17.0992272073764, 17.1000605457924, 17.1008938842084,
17.1017272226245, 17.1025605610405, 17.1033938994565, 17.1042272378725,
17.1050605762885, 17.1058939147046, 17.1067272531206, 17.1075605915366,
17.1083939299526, 17.1092272683686, 17.1100606067846, 17.1108939452007,
17.1117272836167, 17.1125606220327, 17.1133939604487, 17.1142272988647,
17.1150606372807, 17.1158939756968, 17.1167273141128, 17.1175606525288,
17.1183939909448, 17.1192273293608, 17.1200606677768, 17.1208940061929,
17.1217273446089, 17.1225606830249, 17.1233940214409, 17.1242273598569,
17.1250606982729, 17.125894036689, 17.126727375105, 17.127560713521,
17.128394051937, 17.129227390353, 17.130060728769, 17.1308940671851,
17.1317274056011, 17.1325607440171, 17.1333940824331, 17.1342274208491,
17.1350607592651, 17.1358940976812, 17.1367274360972, 17.1375607745132,
17.1383941129292, 17.1392274513452, 17.1400607897612, 17.1408941281773,
17.1417274665933, 17.1425608050093, 17.1433941434253, 17.1442274818413,
17.1450608202573, 17.1458941586734, 17.1467274970894, 17.1475608355054,
17.1483941739214, 17.1492275123374, 17.1500608507534, 17.1508941891695,
17.1517275275855, 17.1525608660015, 17.1533942044175, 17.1542275428335,
17.1550608812496, 17.1558942196656, 17.1567275580816, 17.1575608964976,
17.1583942349136, 17.1592275733296, 17.1600609117457, 17.1608942501617,
17.1617275885777, 17.1625609269937, 17.1633942654097, 17.1642276038257,
17.1650609422418, 17.1658942806578, 17.1667276190738, 17.1675609574898,
17.1683942959058, 17.1692276343218, 17.1700609727379, 17.1708943111539,
17.1717276495699, 17.1725609879859, 17.1733943264019, 17.1742276648179,
17.175061003234, 17.17589434165, 17.176727680066, 17.177561018482,
17.178394356898, 17.179227695314, 17.1800610337301, 17.1808943721461,
17.1817277105621, 17.1825610489781, 17.1833943873941, 17.1842277258101,
17.1850610642262, 17.1858944026422, 17.1867277410582, 17.1875610794742,
17.1883944178902, 17.1892277563062, 17.1900610947223, 17.1908944331383,
17.1917277715543, 17.1925611099703, 17.1933944483863, 17.1942277868023,
17.1950611252184, 17.1958944636344, 17.1967278020504, 17.1975611404664,
17.1983944788824, 17.1992278172984, 17.2000611557145, 17.2008944941305,
17.2017278325465, 17.2025611709625, 17.2033945093785, 17.2042278477945,
17.2050611862106, 17.2058945246266, 17.2067278630426, 17.2075612014586,
17.2083945398746, 17.2092278782907, 17.2100612167067, 17.2108945551227,
17.2117278935387, 17.2125612319547, 17.2133945703707, 17.2142279087868,
17.2150612472028, 17.2158945856188, 17.2167279240348, 17.2175612624508,
17.2183946008668, 17.2192279392829, 17.2200612776989, 17.2208946161149,
17.2217279545309, 17.2225612929469, 17.2233946313629, 17.224227969779,
17.225061308195, 17.225894646611, 17.226727985027, 17.227561323443,
17.228394661859, 17.2292280002751, 17.2300613386911, 17.2308946771071,
17.2317280155231, 17.2325613539391, 17.2333946923551, 17.2342280307712,
17.2350613691872, 17.2358947076032, 17.2367280460192, 17.2375613844352,
17.2383947228512, 17.2392280612673, 17.2400613996833, 17.2408947380993,
17.2417280765153, 17.2425614149313, 17.2433947533473, 17.2442280917634,
17.2450614301794, 17.2458947685954, 17.2467281070114, 17.2475614454274,
17.2483947838434, 17.2492281222595, 17.2500614606755, 17.2508947990915,
17.2517281375075, 17.2525614759235, 17.2533948143395, 17.2542281527556,
17.2550614911716, 17.2558948295876, 17.2567281680036, 17.2575615064196,
17.2583948448356, 17.2592281832517, 17.2600615216677, 17.2608948600837,
17.2617281984997, 17.2625615369157, 17.2633948753318, 17.2642282137478,
17.2650615521638, 17.2658948905798, 17.2667282289958, 17.2675615674118,
17.2683949058279, 17.2692282442439, 17.2700615826599, 17.2708949210759,
17.2717282594919, 17.2725615979079, 17.273394936324, 17.27422827474,
17.275061613156, 17.275894951572, 17.276728289988, 17.277561628404,
17.2783949668201, 17.2792283052361, 17.2800616436521, 17.2808949820681,
17.2817283204841, 17.2825616589001, 17.2833949973162, 17.2842283357322,
17.2850616741482, 17.2858950125642, 17.2867283509802, 17.2875616893962,
17.2883950278123, 17.2892283662283, 17.2900617046443, 17.2908950430603,
17.2917283814763, 17.2925617198923, 17.2933950583084, 17.2942283967244,
17.2950617351404, 17.2958950735564, 17.2967284119724, 17.2975617503884,
17.2983950888045, 17.2992284272205, 17.3000617656365, 17.3008951040525,
17.3017284424685, 17.3025617808845, 17.3033951193006, 17.3042284577166,
17.3050617961326, 17.3058951345486, 17.3067284729646, 17.3075618113806,
17.3083951497967, 17.3092284882127, 17.3100618266287, 17.3108951650447,
17.3117285034607, 17.3125618418768, 17.3133951802928, 17.3142285187088,
17.3150618571248, 17.3158951955408, 17.3167285339568, 17.3175618723729,
17.3183952107889, 17.3192285492049, 17.3200618876209, 17.3208952260369,
17.3217285644529, 17.322561902869, 17.323395241285, 17.324228579701,
17.325061918117, 17.325895256533, 17.326728594949, 17.3275619333651,
17.3283952717811, 17.3292286101971, 17.3300619486131, 17.3308952870291,
17.3317286254451, 17.3325619638612), value = c(8.83893229166667,
8.84375, 8.844921875, 8.84544270833333, 8.84544270833333, 8.84518229166667,
8.84466145833333, 8.84231770833333, 8.83984375, 8.83854166666667,
8.83645833333333, 8.83489583333333, 8.83359375, 8.83958333333333,
8.84088541666667, 8.84205729166667, 8.8375, 8.83802083333333,
8.83815104166667, 8.838671875, 8.83802083333333, 8.840234375,
8.83958333333333, 8.84088541666667, 8.83880208333333, 8.83984375,
8.83958333333333, 8.8421875, 8.84622395833333, 8.849609375, 8.84856770833333,
8.84596354166667, 8.84114583333333, 8.83841145833333, 8.83645833333333,
8.83697916666667, 8.83984375, 8.84479166666667, 8.84791666666667,
8.847265625, 8.84244791666667, 8.84192708333333, 8.84231770833333,
8.84140625, 8.840234375, 8.83776041666667, 8.839453125, 8.83958333333333,
8.84010416666667, 8.843359375, 8.84557291666667, 8.84661458333333,
8.843359375, 8.84192708333333, 8.84205729166667, 8.8421875, 8.84114583333333,
8.83958333333333, 8.83958333333333, 8.84140625, 8.83997395833333,
8.83841145833333, 8.83841145833333, 8.840234375, 8.84088541666667,
8.83932291666667, 8.84192708333333, 8.843359375, 8.84609375,
8.84635416666667, 8.84921875, 8.84596354166667, 8.842578125,
8.83684895833333, 8.83697916666667, 8.84309895833333, 8.84635416666667,
8.84830729166667, 8.84427083333333, 8.84505208333333, 8.84557291666667,
8.84791666666667, 8.85104166666667, 8.85247395833333, 8.85078125,
8.84596354166667, 8.84205729166667, 8.84114583333333, 8.84140625,
8.84049479166667, 8.83997395833333, 8.84036458333333, 8.84231770833333,
8.84440104166667, 8.84934895833333, 8.84934895833333, 8.84557291666667,
8.838671875, 8.83854166666667, 8.83828125, 8.83606770833333,
8.83515625, 8.83854166666667, 8.83997395833333, 8.83958333333333,
8.83828125, 8.841796875, 8.84283854166667, 8.842578125, 8.84453125,
8.84401041666667, 8.84466145833333, 8.83841145833333, 8.838671875,
8.84322916666667, 8.84661458333333, 8.85065104166667, 8.84947916666667,
8.84830729166667, 8.84518229166667, 8.84231770833333, 8.844140625,
8.84375, 8.84361979166667, 8.84322916666667, 8.841015625, 8.840234375,
8.83984375, 8.84127604166667, 8.84309895833333, 8.84322916666667,
8.84557291666667, 8.84622395833333, 8.84544270833333, 8.84348958333333,
8.84075520833333, 8.84270833333333, 8.8484375, 8.85221354166667,
8.84973958333333, 8.84361979166667, 8.839453125, 8.841015625,
8.84153645833333, 8.84296875, 8.84283854166667, 8.84544270833333,
8.84635416666667, 8.84609375, 8.84479166666667, 8.84440104166667,
8.84453125, 8.846875, 8.84921875, 8.85104166666667, 8.85013020833333,
8.84674479166667, 8.84674479166667, 8.84609375, 8.84466145833333,
8.84375, 8.84375, 8.84713541666667, 8.845703125, 8.84739583333333,
8.84778645833333, 8.84973958333333, 8.84700520833333, 8.84479166666667,
8.84700520833333, 8.84830729166667, 8.85104166666667, 8.850390625,
8.8484375, 8.84947916666667, 8.85247395833333, 8.85442708333333,
8.85403645833333, 8.85221354166667, 8.85390625, 8.851953125,
8.851171875, 8.85013020833333, 8.855078125, 8.86002604166667,
8.86588541666667, 8.86471354166667, 8.86432291666667, 8.86341145833333,
8.86184895833333, 8.859765625, 8.85807291666667, 8.85872395833333,
8.85625, 8.855078125, 8.85677083333333, 8.86041666666667, 8.8625,
8.86015625, 8.85885416666667, 8.86015625, 8.86263020833333, 8.86653645833333,
8.86341145833333, 8.85911458333333, 8.854296875, 8.85885416666667,
8.86458333333333, 8.86653645833333, 8.86809895833333, 8.87122395833333,
8.87473958333333, 8.87434895833333, 8.87200520833333, 8.870703125,
8.86796875, 8.86640625, 8.86549479166667, 8.86666666666667, 8.86640625,
8.86796875, 8.86692708333333, 8.86549479166667, 8.8609375, 8.86158854166667,
8.86328125, 8.86458333333333, 8.864453125, 8.86458333333333,
8.86627604166667, 8.862890625, 8.862890625, 8.86432291666667,
8.86341145833333, 8.86145833333333, 8.85950520833333, 8.8625,
8.864453125, 8.86263020833333, 8.86184895833333, 8.86106770833333,
8.86341145833333, 8.86471354166667, 8.86575520833333, 8.86692708333333,
8.86458333333333, 8.86080729166667, 8.85572916666667, 8.858203125,
8.85716145833333, 8.85533854166667, 8.854296875, 8.86041666666667,
8.87005208333333, 8.86875, 8.86223958333333, 8.856640625, 8.859765625,
8.86119791666667, 8.85572916666667, 8.8515625, 8.84895833333333,
8.8484375, 8.84856770833333, 8.85182291666667, 8.85299479166667,
8.84908854166667, 8.84635416666667, 8.84765625, 8.84986979166667,
8.84739583333333, 8.84947916666667, 8.85403645833333, 8.86158854166667,
8.86197916666667, 8.86028645833333, 8.8578125, 8.85794270833333,
8.858984375, 8.85872395833333, 8.85911458333333, 8.85638020833333,
8.85299479166667, 8.85234375, 8.85416666666667, 8.86041666666667,
8.85859375, 8.85546875, 8.85143229166667, 8.85026041666667, 8.849609375,
8.84700520833333, 8.84765625, 8.84609375, 8.84765625, 8.848046875,
8.85104166666667, 8.85598958333333, 8.85755208333333, 8.8578125,
8.85338541666667, 8.85026041666667, 8.85052083333333, 8.85234375,
8.85286458333333, 8.85403645833333, 8.85533854166667, 8.85729166666667,
8.85338541666667, 8.85013020833333, 8.84869791666667, 8.85013020833333,
8.8515625, 8.85169270833333, 8.846875, 8.840234375, 8.83854166666667,
8.84166666666667, 8.84895833333333, 8.85286458333333, 8.85481770833333,
8.848828125, 8.84518229166667, 8.84427083333333, 8.85013020833333,
8.85247395833333, 8.85390625, 8.8515625, 8.84830729166667, 8.84869791666667,
8.85013020833333, 8.85247395833333, 8.84791666666667, 8.84205729166667,
8.84036458333333, 8.84322916666667, 8.84505208333333, 8.84270833333333,
8.841796875, 8.84401041666667, 8.84713541666667, 8.84778645833333,
8.84583333333333, 8.84244791666667, 8.83997395833333, 8.83841145833333,
8.84153645833333, 8.84296875, 8.84388020833333, 8.83997395833333,
8.83580729166667, 8.83333333333333, 8.83971354166667, 8.84283854166667,
8.844140625, 8.836328125, 8.834765625, 8.834375, 8.840234375,
8.842578125, 8.84609375, 8.84674479166667, 8.848046875, 8.84908854166667,
8.84674479166667, 8.841015625, 8.836328125, 8.836328125, 8.83645833333333,
8.83697916666667, 8.83815104166667, 8.84166666666667, 8.84153645833333,
8.84114583333333, 8.84479166666667, 8.84700520833333, 8.84791666666667,
8.84270833333333, 8.84309895833333, 8.84427083333333, 8.84388020833333,
8.84166666666667, 8.833984375, 8.83385416666667, 8.83177083333333,
8.83268229166667, 8.83684895833333, 8.83932291666667, 8.84205729166667,
8.84088541666667, 8.837890625, 8.84010416666667, 8.84231770833333,
8.84778645833333, 8.84674479166667, 8.84192708333333, 8.84127604166667,
8.84153645833333, 8.844140625, 8.84322916666667, 8.83932291666667,
8.83723958333333, 8.83893229166667, 8.84557291666667, 8.84700520833333,
8.84440104166667, 8.84166666666667, 8.84088541666667, 8.83958333333333,
8.84153645833333, 8.84375, 8.85182291666667, 8.851953125, 8.85364583333333,
8.85104166666667, 8.84908854166667, 8.8453125, 8.841015625, 8.84036458333333,
8.84440104166667, 8.85078125, 8.859765625, 8.86158854166667,
8.86041666666667, 8.858203125, 8.86067708333333, 8.86614583333333,
8.86901041666667, 8.873828125, 8.87643229166667, 8.87408854166667,
8.87278645833333, 8.87578125, 8.88515625, 8.88919270833333, 8.89075520833333,
8.89557291666667, 8.90286458333333, 8.91380208333333, 8.92317708333333,
8.93138020833333, 8.93697916666667, 8.94244791666667, 8.949609375,
8.958203125, 8.96875, 8.98372395833333, 8.996484375, 9.01041666666667,
9.02018229166667, 9.035546875, 9.050390625, 9.06979166666667,
9.08658854166667, 9.10846354166667, 9.1265625, 9.151171875, 9.17057291666667,
9.192578125, 9.21510416666667, 9.24231770833333, 9.27278645833333,
9.30104166666667, 9.32760416666667, 9.35286458333333, 9.3796875,
9.40989583333333, 9.43567708333333, 9.46341145833333, 9.494140625,
9.53125, 9.56692708333333, 9.60377604166667, 9.644921875, 9.67994791666667,
9.7109375, 9.74205729166667, 9.77825520833333, 9.81471354166667,
9.848046875, 9.88515625, 9.92161458333333, 9.95572916666667,
9.98723958333333, 10.0186197916667, 10.0555989583333, 10.090625,
10.1231770833333, 10.150390625, 10.173828125, 10.1985677083333,
10.22265625, 10.2481770833333, 10.2680989583333, 10.285546875,
10.2967447916667, 10.306640625, 10.3169270833333, 10.3319010416667,
10.34375, 10.349609375, 10.351171875, 10.3553385416667, 10.3583333333333,
10.3572916666667, 10.3537760416667, 10.3514322916667, 10.3506510416667,
10.3477864583333, 10.33515625, 10.3174479166667, 10.2983072916667,
10.28515625, 10.2708333333333, 10.249609375, 10.2208333333333,
10.1932291666667, 10.1661458333333, 10.1401041666667, 10.117578125,
10.094921875, 10.0670572916667, 10.0345052083333, 10.0061197916667,
9.985546875, 9.95768229166667, 9.921875, 9.88645833333333, 9.85559895833333,
9.83177083333333, 9.80338541666667, 9.77330729166667, 9.73580729166667,
9.70208333333333, 9.66744791666667, 9.64166666666667, 9.61614583333333,
9.58684895833333, 9.55455729166667, 9.525390625, 9.49947916666667,
9.47174479166667, 9.43411458333333, 9.40260416666667, 9.373828125,
9.34778645833333, 9.32447916666667, 9.29739583333333, 9.27760416666667,
9.255078125, 9.23567708333333, 9.21302083333333, 9.18854166666667,
9.16692708333333, 9.14921875, 9.13294270833333, 9.11666666666667,
9.09973958333333, 9.08606770833333, 9.07213541666667, 9.05794270833333,
9.04466145833333, 9.03203125, 9.017578125, 9.00234375, 8.990234375,
8.985546875, 8.97890625, 8.96979166666667, 8.96041666666667,
8.95247395833333, 8.94388020833333, 8.93684895833333, 8.93059895833333,
8.92161458333333, 8.90807291666667, 8.90221354166667, 8.90546875,
8.90520833333333, 8.89674479166667, 8.887109375, 8.88411458333333,
8.88567708333333, 8.88333333333333, 8.8796875, 8.8734375, 8.870703125,
8.87005208333333, 8.86966145833333, 8.87057291666667, 8.87109375,
8.8703125, 8.86471354166667, 8.85963541666667, 8.86236979166667,
8.86236979166667, 8.86171875, 8.854296875, 8.85338541666667,
8.85234375, 8.850390625)), row.names = 20200:20800, class = "data.frame")
CodePudding user response：
Here is an example of using the RcppRoll rolling mean function, to get the mean of every 5 records in a sliding window.
CodePudding user response：
This article (A Perfect Smoother; Paul H. C. Eilers) describes an algorithm extremely well suited to your needs. I have written an R package with it that you can get using
devtools::install_github('domwoolf/regSmooth')