How to find and replace 0/0 to 0; 0/1 to 1 and 1/1 to 1, occuring in multiple rows and columns in a-CodePudding

I have a huge input file with several columns (Column10-Column28) that contains either 0/0, 0/1 or 1/1 data entries. I want to find and replace in place the following:-

0/0 to 0; 0/1 to 1; and 1/1 to 1.

input file:

#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  Sample-1    Sample-2    Sample-3    Sample-4    Sample-5    Sample-7    Sample-8    Sample-9    Sample-10   Sample-11   Sample-12   Sample-13   Sample-14   Sample-15   Sample-16   Sample-17   Sample-18   Sample-19   Sample-20   Sample-21   Sample-22   Sample-23   Sample-24   Sample-25   Sample-27   Sample-28   Sample-29   Sample-30
chr10   60074   .   G   C   .   PASS    ADP=10;HET=1;HOM=0;NC=0;SF=1;WT=0;AN=25;AC=0    GT:ADR:RDF:ABQ:DP:FREQ:ADF:RBQ:PVAL:SDP:AD:GQ:RDR:RD    0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. .:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:..:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.  .:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:. 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
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output file:

#CHROM  POS ID  REF ALT QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  Sample-1    Sample-2    Sample-3    Sample-4    Sample-5    Sample-7    Sample-8    Sample-9    Sample-10   Sample-11   Sample-12   Sample-13   Sample-14   Sample-15   Sample-16   Sample-17   Sample-18   Sample-19   Sample-20   Sample-21   Sample-22   Sample-23   Sample-24   Sample-25   Sample-27   Sample-28   Sample-29   Sample-30
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chr10   489979  489979  G   A   516.73  PASS    ADP=40;DP=41;DPB=41;EPPR=5.02092;GTI=0;HET=1;HOM=0;MQMR=60;NC=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=62.0891;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=999;RO=27;RPPR=3.09072;SF=0,1;SRF=17;SRP=6.95112;SRR=10;WT=0;AB=0.285714;ABP=14.1779;AF=0.5;AO=8;DPRA=0;EPP=3.0103;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=270;RPL=3;RPP=4.09604;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;AN=56;AC=4  GT:FREQ:GL:DP:ADR:RDR:GQ:AD:SDP:QR:ABQ:RDF:RO:QA:RD:ADF:RBQ:AO:PVAL 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-33.3521,0,-77.8848:41:.:.:.:.:.:999:.:.:27:504:.:.:.:14:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-57.2363,0,-62.092:44:.:.:.:.:.:832:.:.:22:778:.:.:.:21:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-33.3521,0,-77.8848:41:.:.:.:.:.:999:.:.:27:504:.:.:.:14:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:-16.4346,0,-55.431:28:.:.:.:.:.:703:.:.:19:270:.:.:.:8:.0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
chr10   489993  489993  G   A   517.39  PASS    ADP=40;DP=45;DPB=45;EPPR=3.79203;GTI=0;HET=1;HOM=0;MQMR=60;NC=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=93.8892;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=900;RO=25;RPPR=5.18177;SF=0,1;SRF=15;SRP=5.18177;SRR=10;WT=0;AB=0.275862;ABP=15.6647;AF=0.5;AO=8;DPRA=0;EPP=3.0103;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=270;RPL=5;RPP=4.09604;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;AN=56;AC=4  GT:RDF:ABQ:QR:ADF:RBQ:AO:PVAL:RD:QA:RO:ADR:DP:FREQ:GL:GQ:AD:SDP:RDR 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:900:.:.:20:.:.:687:25:.:45:.:-48.5936,0,-67.7665:.:.:.:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:834:.:.:22:.:.:784:22:.:45:.:-57.4791,0,-61.9781:.:.:.:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:900:.:.:20:.:.:687:25:.:45:.:-48.5936,0,-67.7665:.:.:.:.  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:777:.:.:8:.:.:270:21:.:29:.:-15.8938,0,-58.4546:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.
chr10   490056  .   T   C   612.45  PASS    ADP=59;DP=69;DPB=69;EPPR=6.8707;GTI=0;HET=1;HOM=0;MQMR=59.75;NC=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=141.021;PAIREDR=1;PQR=0;PRO=0;QR=1092;RO=36;RPPR=3.25157;SF=0,1;SRF=19;SRP=3.25157;SRR=17;WT=0;AB=0.486486;ABP=3.06899;AF=0.5;AO=18;DPRA=0;EPP=33.8935;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.5;PAIRED=1;PAO=0;PQA=0;QA=634;RPL=18;RPP=7.35324;RPR=5;RUN=1;SAF=11;SAP=4.9405;SAR=7;AN=56;AC=3  GT:SDP:FREQ:RBQ:RDR:RDF:GL:RO:ADR:ADF:QR:AD:RD:ABQ:PVAL:AO:QA:GQ:DP 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:-69.4469,0,-78.8411:36:.:.:1092:.:.:.:.:29:997:.:69 0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:-60.0267,0,-33.0544:15:.:.:491:.:.:.:.:23:799:.:38  0:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.:.   1:.:.:.:.:.:-10,0,-10:19:.:.:580:.:.:.:.:18:634:.:37

Can anyone please suggest an easy approach, perhaps awk gsub command??

CodePudding user response：

Have you tried doing it with

sed 's/0\/0/0/g' file | sed 's/0\/1/1/g' | sed 's/1\/1/1/g'

CodePudding user response：

0/0 to 0; 0/1 to 1; and 1/1 to 1.

Observation: in each case you want replace expression by what is after /. I would harness GNU sed for this task following way, for brevity sake I would use file.txt as follows

text 0/0 text
text 0/1 text
text 1/1 text
text text text
text 0/0 text 0/1 text 1/1 text

then

sed 's|[01]/\([01]\)|\1|g' file.txt

gives output

text 0 text
text 1 text
text 1 text
text text text
text 0 text 1 text 1 text

Explanation: I elected to use | rather than / to avoid need of escaping latter, as you have literal /. I use capturing group to substitute (s) 0 or 1 followed by / followed by 0 or 1 using last part (0 or 1 after /) and do it globally (g) to apply such change for all occurences in each line.

(tested in GNU sed 4.2.2)